docxファイルをLibreOffice(4.3.7.2)で開いたところルビ文字のふりがなが親の漢字ごと消えていました。
検索してみると、
https://bugs.documentfoundation.org/show_bug.cgi?id=50607
docであれば大丈夫みたいです。

OpenXMLのルビまわり

<w:ruby>...</w:ruby>

http://bit.ly/1eefSdL