バージョン3.0からWordPressとWordPressMUが統合されています。
MUのダッシュボードに、
「WordPress MU 3.0 が利用可能です ! アップデートしてください。」
と表示されたので、実行してみましたがエラーが発生して完了できません。
ということで、あらためてバージョンを確認すると稼動中のMUのバージョンが
2.8.xだったので、ひとまず2.9.2に更新しておきます。
さて、ドキュメントを読んでいくと、
http://codex.wordpress.org/Upgrading_WPMU
2.8.3 to 2.9.x
Same procedure as below.
となっていて、
2.7.1 to 2.8.3 の手順に従えば良さそうです。
１）次の4点をバックアップします。
・データベース
・.htaccess
・wp-config.php
・wp-content（フォルダ）
２）wpmu-2.9.2のソースで上書きします。
先ほどの
.htaccess、wp-config.php、wp-content（フォルダ）
を戻してファイルのパーミッションを確認。
ここで、wp-contentフォルダの中身ですが、
index.php
blogs.php
その他、テーマフォルダなど必要に応じて更新します。
３）日本語リソース
必要に応じて、
http://code.google.com/p/wpmu-ja/
こちらから日本語リソースを取ってきて、
wp-content/languages/
以下に設置。
４）ブラウザでダッシュボードを開いて更新します。
ダッシュボードのメッセージに従ってアップグレードを実行して完了。
以上、覚え書きであり、あらゆる環境での更新作業を保証するものではありません。
念のため。少しでも参考になれば幸いです。